Một số thủ phạm người Đức trực tiếp tham gia thảm sát Ponary đã bị truy tố.

• Walter Blume, chỉ huy Sonderkommando 7a, hoạt động ở Vilnius vào cuối tháng 6 năm 1941, bị kết án tử hình trong phiên tòa xử án Einsatzgruppen (1948). Sau đó, bản án được giảm xuống 25 năm tù.[226]
• Martin Weiss, quản lý Ypatingasis būrys, bị kết tội giết 7 người và hỗ trợ giết 30.000 người tại Ponary vào tháng 2 năm 1950. Ông bị tòa án tỉnh Würzburg kết án tù chung thân. Năm 1977, ông được đặc xá. Đồng phạm August Hering bị kết tội giết 1 người và hỗ trợ giết 4.000 người khác, án xử tù chung thân, rồi giảm xuống 15 năm tù.[227]
• Alfred Filbert, chỉ huy Einsatzkommando 9, bị tòa án quốc gia Tây Berlin kết án tù chung thân vào tháng 6 năm 1962. Có bằng chứng cho thấy Filbert giết ít nhất 4.000 dân Do Thái vùng Vilnius. Filbert được ra tù sau 13 năm thụ án.[228]

Karl Jäger, nguyên chỉ huy Einsatzkommando 3, sau là chỉ huy SD và cảnh sát an ninh Generalbezirk Litauen, bị bắt tháng 4 năm 1959 tại Tây Đức. Hai tháng sau, ông tự sát trong phòng giam.[229]

22 thành viên Ypatingasis būrys[lower-alpha 14] bị xét xử ở Liên Xô, 13 người lĩnh án tử hình, số còn lại chịu 10 đến 25 năm cải tạo lao động. Vụ xét xử đầu tiên diễn ra tháng 9 năm 1944, cho đến vụ cuối cùng vào tháng 2 năm 1978.[230] Một số người bị xét xử hai lần, lần đầu vì tiếp tay tội ác, lần sau là kết tội chính họ thực hiện các vụ giết người.[231] Một số người được tổng công tố Litva độc lập phục hồi sau năm 1990 với lý do là đối tượng bị Liên Xô đàn áp chính trị, kèm cả khoản bồi thường tài chính.[232]

Cộng hòa Nhân dân Ba Lan cũng tổ chức xét xử thành viên Ypatingasis būrys. Tháng 11 năm 1973, tòa án thành phố Warszawa tuyên án tử hình Józef Miakisz (Juozas Makiszius), Władysław Butkun (Władas Butkunas) và Jan Borkowski (Jonas Barkauskas). Hội đồng Nhà nước sau đó đã đặc xá xuống còn 25 năm tù. Tháng 6 năm 1977, tòa án quận Olsztyn kết án Wiktor Gliwiński (Wiktoras Galwanauskas) 25 năm tù với bằng chứng tham gia hành quyết hàng loạt tại Ponary. Tòa án Tối cao tăng án lên tử hình nhưng Hội đồng Nhà nước lại thực hiện ân xá chuyển thành 25 năm tù.[233]

Nguyên chỉ huy cảnh sát Saugumo Vilnius là Alexander Lileikis sang Hoa Kỳ định cư sau chiến tranh. Năm 1995, văn phòng công tố Litva tiến hành điều tra nhân vật này. Vào tháng 7 năm 2000, quá trình tố tụng bị dừng lại do sức khỏe bị cáo không tốt. Lileikis chết sau đó chưa đầy ba tháng.[234]

Một số nhân viên Ypatingasis būrys hợp tác với cơ quan an ninh Liên Xô để tránh bị trừng phạt.[235] Số khác tìm cách trốn sang phương Tây.[236] Một trong những chỉ huy Litva Balys Norwaisz không rõ số phận về sau ra sao. Gia đình nói ông chết trong một đợt không kích của quân Đồng minh, nhưng rất có thể nhân vật này đã di cư sang Mỹ sau năm 1945.[237]